一般都是需要通过每个主成分乘以各自权重值得到综合得分的,而不是直接把几个主成分相加,因为这样就默认几个主成分的权重都是一样的了.我们通常以各个主成分的方贡献率作为各自的权重值,也可以通过其他方法计算得到权重值.
主成分分析法结果分析(主成分分析法结果分析怎么写)
主成分分析法结果分析(主成分分析法结果分析怎么写)
因子分析(你这里使用主成分法做因子分析)的好坏主要就是看看KMO,特征值方贡献率,共同度和因子载荷,如果都比较好(一般就是说KMO值0.8以上,方贡献率起码0.4,共同度起码也有0.4,因子载荷起码均在0.4以上),那就OK
KMO值书上(《吴明隆统计实务》)说的限度是0.5,方贡献率40%是的可接受程度,你的67%已经挺高了,关键问题是KMO不好,KMO的意义在于检验你的这些数据有没有一定的内部相关,能不能形成一些局部因子,最少一个,因为因子分析就是给数据分类分维度,要是数据都零零散散,任何两个题目都不相似,就不适合因子分析,KMO就不高,想提高的话,酌情删除一些题目(主要是看因子载荷,太低的删,一个题目在两个因子上载荷接近的也删),再重新做因子分析看结果,如果还不好,就加题目,加一些你觉得比较好的项目,主要是靠删除不好的项目,不过要注意,每个维度至少留下3个题目
PCA (Principal component ysis)
在拿到测序公司给的生信分析报告的时候,我们可能会看到一张主成分分析(principal component ysis,PCA)图。
大部分就写成组与组之间存在显著分离,然后就没啦,这样是不是有点过于单薄。
如何才能读懂PCA图的组成部分,并且写出完整的结果描述呢?看完这篇就知道啦。
【概述】
一般来说,研究中涉及一个变量,两个变量以及三个变量时,可以分别绘制成一维,二维,和三维空间图来展示结果。然而,涉及到多个变量时,结果过于复杂,无法准确的展示。这时,用到PCA分析的关键一步,降维。简单来说,通过减少数据中的变量来化简数据;这里的减少指标,并不是随意加减,而是用复杂的数理知识,得到几个“综合指标”来代表整个数据,这个综合指标就是所谓的主成分!
【简单的两组比较】
先观察一下中的组成成分,主要包括主成分和样本点。每组的样本都用圆圈进行聚类,每个部分代表的内容如图所示。
来源于:PMCID: PMC7011317
【多组处理比较】
来源于:PMCID: PMC7585944
【PCA biplot(涉及箭头)】
来源于:PMCID: PMC8085102
【其他类型】
两个线条之间的夹角,可理解为两个变量之间的相关性
夹角小于90度,可以认为两个变量正相关
大于90度,可以认为两个变量负相关。
来源于:PMCID: PMC8224010
通过某个变量所代表的线条在PC1和PC2上的投影,我们可以看出这个变量对样本分离的贡献度,线条越长,代表投影越大,影响越显著。
来源于:PMID: 29835
【小结】
PCA常见的结果解读就到这里啦,从实战中更清晰的了解PCA图。
相信阅读完以后,对于写作会有一定的帮助。
总的来说,描述的时候不仅要考虑样本的重复性,还要观察该结果的生物学意义。
搞清楚原理后,不管遇到什么样的PCA图,都可以应对的游刃有余了。
跟着SCI文献读懂PCA的内容和原理,看完这篇就全明白啦! - 云生信学生物信息的文章 - 知乎
spss主成分分析法详细步骤:
1、打开SPSS软件,导入数据后,依次点击分析,降维,因子分析。如图1所示
(图1)
2、打开因子分析界面之后,把需要进行分析的变量全部选进变量对话框,然后点击右上角的描述。如图2所示
(图2)
3、勾选原始分析结果、KMO检验对话框,然后点击继续。如图3所示
(图3)
4、点击抽取,方法里选择主成分再点击碎石图。如图4所示
(图4)
5、点击旋转,再点击方旋转。如图5所示
(图5)
6、点击得分,再点击,保存为变量及显示因子得分系数矩阵。如图6所示
(图6)
7、点确定就可以在输出截面看到主成分分析的结果了。如图7所示
(图7)
总结:以上就是spss主成分分析法详细步骤,大家是不是学会了呢?
结果分析
(1)KMO与巴特利特球形检验
由表可以知,巴特利特球形检验的统计量值为3960.473,相应的概率P值为0。在显著性水平下,应拒绝原设,认为相关系数矩阵与单位矩阵存在显著异。同时KMO值为0.844,根据Kaiser给出的度量KMO的标椎可知问卷题项适合做因子分析。
(2)公因子方
提取值表示每个变量被公因子表达的多少,一般认为,大于0.7就说明变量被公因子很好地表达。由表可以看出,绝大多数变量的提取值大于0.85,变量能被公因子很好地表达。
(3)解释总方
提取方法:主成分分析法
(4)旋转成分矩阵
提取方法:主成分分析法
(5)计算因子得分:因子分析是基于研究各题项之间的内部依赖关系,将一些信息重叠、相关性高的变量指标归结为几个不相关的综合因子的多重统计方法。通过SPSS23.0得出的成分得分系数矩阵,见表,可得到、、、、公因子的得分表达式为:
其中、、、、公因子分别代表基础技能,创新能力,资源运用,合作精神,创新思维。
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